Il percorso gara del Trofeo Città di Agnone-AIDO 2016 rimane quello della scorsa edizione. Partenza da Piazza Giovanni Paolo II , svolta su Via Gualterio rimanendo su di essa per 200m circa  sfruttando  uno strappo interessante subito dopo la partenza per poi tagliare all’interno del Convento dei Frati Cappuccini e reimmettersi  su Via Roma. Si continua su Via fanti e costeggiando il centro storico di Agnone si rientra nel vivo della parte vecchia attraverso Porta Berardicelli, Corso Garibaldi, Piazza Plebiscito e Corso Vittorio Emanuele in direzione del punto di arrivo.

Il percorso è ciclico ed andrà ripetuto per tre volte per una lunghezza globale di 9,850 Km.